ילדים רבים המאובחנים על הרצף האוטיסטי סובלים מבעיות שינה שונות כקשיי הירדמות, יקיצות תכופות, יקיצות מוקדמות ושינה שטחית.
חוסר שינה או שינה שאינה עמוקה עלולים להחמיר תסמינים שונים כדוגמת התקפי זעם, בעיות קשב וריכוז ובעיות זיכרון.
בכדי להימנע מהחמרת התסמינים ולשפר את איכות השינה, יש להבין קודם כל את הסיבות השונות העלולות לגרום לבעיות שינה:

• מחסור בחומצת האמינו טריפטופאן החיונית ליצירת מלטונין.
• שיבושים בשעון הביולוגי שהינו מנגנון פנימי המשמש את הגוף למדידת זמן, גורמים להפרשתו של הורמון המלטונין ביתר ביום ובחסר בלילה.
• חוסר בייצור של ויטמין 12B והמרתו לצורתו הפעילה מתילקובלמין כתוצאה מתהליכי מתילציה לקויים.
  דרכי הטיפול אפשריות יכללו:
• טיפול באמצעות הורמון השינה מלטונין במטרה לסייע לתהליכי הירדמות מהירים ולשינה רציפה.
• שימוש בחומצה פולית, ויטמין 6B, ויטמין C, אבץ המהווים אבני ליצירת סרוטונין ההופך למלטונין.
• נטילה של ויטמין 12B בצורתו הפעילה במטרה לשפר את שלבי השינה העמוקים, שלבים 3 ו 4.
• השלמת חוסרים במגנזיום וסידן אשר הינם מינרלים בעלי השפעה מרגיעה.
• נטילת חומצת האמינו גאבה.
• נטילת צמחי מרפא המסייעים להשריית שינה טובה כורבנה, כשות, פסיפלורה ומליסה.

בנוסף, מומלץ להימנע לקראת שעות הערב מצריכת מזונות המכילים קפאין כדוגמת קולה ושוקו שכן קפאין מדכא את ייצור הורמון השינה מלטונין ופוגע בשינה.